大悪党を夢見る少年グルーのもとで、様々ないたずらを繰り返しながら過ごしていたミニオンズ。ある日、トップ悪党チーム�Wヴィシャス・シックス�Wに入団するため面接に挑んだグルーが、思わぬトラブルから誘拐されてしまうという大事件が発生。その一部始終を知るミニオンズは、グルーを救出するために動き出す。手始めに旅客機をハイジャック。サンフランシスコに到着したミニオンズは、とあるカンフーマスターに弟子入りをする。